Bioconductor版本:版本(3.6)
实现了一个通用和灵活zero-inflated负二项模型,可以用来提供一个单细胞RNA-seq数据的低维表示。模型的零通胀(辍学),占over-dispersion,数据的统计性质。模型还占库大小和选择批处理效果的差异和/或其他协变量,避免pre-normalize数据的必要性。
作者:大卫Risso (aut、cre cph],斯维特拉娜Gribkova (aut),范妮Perraudeau (aut),让-菲利普•绿色(aut)
维护人员:大卫Risso < Risso。大卫。gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“zinbwave”)
):
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“zinbwave”)
HTML | R脚本 | zinbwave装饰图案 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DimensionReduction,GeneExpression,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组 |
版本 | 1.0.0 |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(> = 3.4),方法,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment |
进口 | 连系动词,glmnet,BiocParallel,softImpute统计数据,genefilter,刨边机 |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,testthat,matrixStats,magrittr,scRNAseq,ggplot2,biomaRt,BiocStyle,Rtsne |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/drisso/zinbwave/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | 飞溅 |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | zinbwave_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | zinbwave_1.0.0.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | zinbwave_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zinbwave |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/zinbwave/ |
包下载报告 | 下载数据 |