Bioconductor版本:Release (3.6)
色谱分离和单谱质谱数据的处理和可视化框架。从AIA/ANDI NetCDF、mzXML、mzData和mzML文件导入。对高通量、非目标分析物分析的数据进行预处理。
作者:Colin A. Smith
维护者:Steffen Neumann
引文(从R内,输入引用(“xcms”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“xcms”)
超文本标记语言 | R脚本 | 用xcms对FTICR-MS数据进行分组 |
超文本标记语言 | R脚本 | 利用xcms对LCMS数据进行预处理和分析 |
超文本标记语言 | R脚本 | xcms中新的和修改的功能 |
超文本标记语言 | R脚本 | 用xcms处理Tandem-MS和MSn数据 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | MassSpectrometry,代谢组学,软件 |
版本 | 3.0.2 |
在Bioconductor | BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 13年) |
许可证 | GPL(>= 2) +文件许可 |
取决于 | R(>= 2.14.0),方法,Biobase,BiocParallel(> = 1.8.0),MSnbase(> = 2.3.11) |
进口 | mzR(> = 1.1.6),BiocGenerics,ProtGenerics,晶格,RColorBrewer,plyr,RANN,乘,MassSpecWavelet(> = 1.5.2),S4Vectors |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr(> = 1.1.0版),faahKO,msdata,ncdf4,rgl,微基准测试,RUnit,老鸨 |
SystemRequirements | |
增强了 | Rgraphviz,Rmpi,XML |
URL | http://metlin.scripps.edu/download/而且https://github.com/sneumann/xcms |
BugReports | https://github.com/sneumann/xcms/issues/new |
全靠我 | 相机,faahKO,flagme,首次公开募股,LOBSTAHS,金属底座,metaMS,proFIA,PtH2O2lipids |
进口我 | 相机,cosmiq,MAIT,Risa |
建议我 | MassSpecWavelet,msdata,msPurity,mtbls2,RforProteomics,RMassBank,ropls |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | xcms_3.0.2.tar.gz |
Windows二进制 | xcms_3.0.2.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | xcms_3.0.2.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/xcms |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/xcms/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
BioC 3.6的旧源包 | 源存档 |