tximport

DOI:10.18129 / B9.bioc.tximport

导入和总结记录,能够分析转录水平的估计

Bioconductor版本:版本(3.6)

进口转录水平丰富,估计计数和记录长度,并总结了矩阵用于下游能够分析包。加权平均记录长度,sample-specific转录丰度估计,是一个矩阵,可以用作抵消能够数的不同表达。

迈克尔•爱(cre, aut)作者:夏洛特Soneson (aut),马克·罗宾逊(aut)抢劫Patro[所有],安德鲁·帕克摩根(施),瑞安·c·汤普森(施),马特·雪莉(施)

维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“tximport”)

文档

HTML	R脚本	与tximport进口记录大量数据集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,GeneExpression,RNASeq,软件,转录
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(2年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于
进口	跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,tximportData,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,readr(> = 0.2.2),limma,刨边机,DESeq2(> = 1.11.6),rhdf5,rjson
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	IsoformSwitchAnalyzeR,嘘
建议我	DESeq2,variancePartition
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	tximport_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	tximport_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	tximport_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tximport
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tximport/
包下载报告	下载数据