twoddpcr

DOI:10.18129 / B9.bioc.twoddpcr

对二维液滴数字PCR (ddPCR)数据进行分类，并量化起始分子的数量

Bioconductor版本:Release (3.6)

双PCR包从Bio-Rad的QuantaSoft获取液滴数字PCR (ddPCR)液滴振幅数据，并可以对液滴进行分类。可以生成正/负液滴计数的摘要，然后可以使用泊松分布来估计分子的数量。这是第一个开放源码包，便于一般双通道ddPCR数据的自动分类。之前的工作包括“definetherain”(Jones et al.， 2014)和“ddpcRquant”(Trypsteen et al.， 2015)，它们都只处理一个通道的ddPCR实验。CRAN上提供的“ddpcr”包(Attali等人，2016)只支持对特定类别的双通道ddpcr实验进行自动门控。

作者:Anthony Chiu [aut, cre]

维护者:Anthony Chiu < Anthony。Chiu在crut .manchester.ac.uk>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“twoddpcr”)

文档

超文本标记语言	R脚本	twoddpcr:液滴数字PCR分析包
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文本		新闻

细节

biocViews	分类，软件，ddPCR
版本	1.2.1 "
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4)
进口	类，ggplot2，hexbin、方法、尺度，闪亮的，统计，utils，RColorBrewer，S4Vectors
链接
建议	devtools，knitr，reshape2，rmarkdown，testthat，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/CRUKMI-ComputationalBiology/twoddpcr/
BugReports	http://github.com/CRUKMI-ComputationalBiology/twoddpcr/issues/
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包档案

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源包	twoddpcr_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	twoddpcr_1.2.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	twoddpcr_1.2.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/twoddpcr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/twoddpcr/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档