三层

DOI:10.18129 / B9.bioc.triplex

搜索和可视化的分子内三聚体形成序列在DNA

Bioconductor版本:Release (3.6)

该软件包提供了DNA序列中潜在的分子内三层模式的识别和可视化功能。其主要功能是检测能够折叠成更大序列的分子内三联体(H-DNA)的子序列的位置。潜在的H-DNA(三联体)应该由尽可能多的正常核苷酸三联体组成。该软件包包括显示精确的1D, 2D或3D基础配对的可视化。

作者:Jiri Hon, Matej Lexa, Tomas Martinek和Kamil Rajdl, Daniel Kopecek贡献

维护者:Jiri Hon < Jiri。亲爱的在gmail.com>

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PDF	R脚本	Triplex用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneRegulation，SequenceMatching，软件
版本	1.18.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(5年)
许可证	BSD_2_clause + file LICENSE
取决于	R (>= 2.15.0)，S4Vectors(> = 0.5.14),IRanges(> = 2.5.27),XVector(> = 0.11.6),Biostrings(> = 2.39.10)
进口	方法、网格GenomicRanges
链接	S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings
建议	rgl(> = 0.93.932),BSgenome.Celegans.UCSC.ce10，rtracklayer，GenomeGraphs
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.fi.muni.cz/~lexa/triplex/
全靠我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	triplex_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	triplex_1.18.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	triplex_1.18.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/triplex
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/triplex/
软件包下载报告	下载数据