trena

DOI:10.18129 / B9.bioc.trena

适合使用基因表达转录调控网络,先知先觉,机器学习

Bioconductor版本:版本(3.6)

转录调控网络的方法重建,尤其是在物种的全基因组TF结合位点信息是可用的。

作者:赛斯智力缺陷者<赛斯。智力缺陷者在systemsbiology.org >,马修·理查兹保罗•香农< pshannon systemsbioloyg.org > < mrichard systemsbiology.org >

维修工:保罗·香农< pshannon systemsbiology.org >

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细节

biocViews	FeatureExtraction,GeneExpression,GeneRegulation,NetworkInference,回归,软件,SystemsBiology,转录
版本	1.0.3
许可证	GPL-3
取决于	R(> = 3.4.0),跑龙套,glmnet(> = 2.0.3),MotifDb(> = 1.19.17)
进口	RSQLite,lassopv,randomForest,耀斑,vbsr,BiocParallel,RPostgreSQL、方法、RMySQL,DBI,BSgenome,stringr,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38,org.Hs.eg.db,Biostrings,GenomicRanges,biomaRt,AnnotationDbi
链接
建议	RUnit,limma,plyr,knitr,BiocGenerics,rmarkdown
SystemRequirements
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包档案

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源包	trena_1.0.3.tar.gz
Windows二进制	trena_0.99.190.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	trena_1.0.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/trena
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/trena/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.6源码包	源存档