topdownr

DOI:10.18129 / B9.bioc.topdownr

自上而下蛋白质组学中片段化条件的研究

Bioconductor版本:Release (3.6)

自顶向下套件可以自动和系统地调查碎片状况。它创建Thermo Orbitrap Fusion Lumos方法文件来测试数百个碎片条件。此外，它还提供了分析和处理生成的MS数据的功能，并确定最佳条件，以最大化整体碎片覆盖率。

作者:Sebastian Gibb [aut, cre] (0000-0001-7406-4443)， Pavel Shliaha [aut]， Ole n ø rregard Jensen [aut]

维护者:Sebastian Gibb

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("topdownr")

文档

超文本标记语言	R脚本	数据生成的自上而下
超文本标记语言	R脚本	使用topdownr进行碎片分析
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文本		新闻

细节

biocViews	报道，基础设施，MassSpectrometry，蛋白质组学，软件
版本	1.0.0
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R(>= 3.4)，方法，BiocGenerics(> = 0.20.0),Biostrings(> = 2.42.1),S4Vectors(> = 0.12.2)
进口	统计，工具，效用，Biobase，矩阵(> = 1.2.10),MSnbase(> = 2.3.10),ggplot2(> = 2.2.1),mzR(> = 2.11.4)
链接
建议	topdownrdata(> = 0.2),knitr，管理员，testthat，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sgibb/topdownr/
BugReports	https://github.com/sgibb/topdownr/issues/
全靠我	topdownrdata
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	topdownr_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	topdownr_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	topdownr_1.0.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topdownr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/topdownr/
软件包下载报告	下载数据