systemPipeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.systemPipeR

systemPipeR:门店工作流和报告生成环境

Bioconductor版本:版本(3.6)

R包来构建和运行自动化的端到端分析工作流广泛的下一代序列(上天)应用程序,如RNA-Seq ChIP-Seq, VAR-Seq Ribo-Seq。重要特性包括一个统一的工作流接口在不同门店应用程序,自动报告生成,并支持R和命令行运行软件,如门店调整器或峰值/变量调用者,在本地计算机或计算集群。有效地处理复杂的样本集和实验设计是通过持续实现样本注释的基础设施。说明使用systemPipeR给出概述装饰图案(HTML)。剩下的小插曲,下面链接,是常见的门店用例的工作流模板。

作者:托马斯Girke

维护人员:托马斯Girke <托马斯。在ucr.edu girke >

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browseVignettes (“systemPipeR”)

PDF	R脚本	ChIP-Seq工作流模板
PDF	R脚本	Ribo-Seq工作流模板
PDF	R脚本	RNA-Seq工作流模板
PDF	R脚本	VAR-Seq工作流模板
HTML	R脚本	概述装饰图案
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,ChIPSeq,报道,DataImport,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,基础设施,MethylSeq,质量控制,RNASeq,RiboSeq,单核苷酸多态性,测序,软件
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Rsamtools,Biostrings,ShortRead、方法
进口	BiocGenerics,GenomicRanges,GenomicFeatures,SummarizedExperiment,VariantAnnotation,rjson,ggplot2、网格limma,刨边机,DESeq2,GOstats,GO.db,注释,pheatmap,BatchJobs
链接
建议	猿,RUnit,BiocStyle,knitr,rmarkdown,biomaRt,BiocParallel
SystemRequirements	systemPipeR可用于外部命令行运行软件(如短读准仪),但相应的工具需要安装在一个系统。
增强了
URL	http://tgirke.github.io/systemPipeR
取决于我
进口我	DiffBind
建议我	systemPipeRdata
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	systemPipeR_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	systemPipeR_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	systemPipeR_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systemPipeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/systemPipeR/
包下载报告	下载数据