Bioconductor版本:版本(3.6)
细胞分化过程是通过连续的层次中间可能被单细胞RNA seq的形态。现有计算方法从单细胞形态层次结构数据的评估可能会下正式的通用工作流i)组成的一个指标来评估细胞间相似性与降维一步(组合),和(二)graph-building算法(可选利用cells-clustering一步)。Sincell R包实现了一个方法论的工具箱允许灵活的工作流在这样的框架。此外,Sincell新算法有助于提供形态层次结构与统计的支持而占单细胞RNA seq随机因素。提供图形化表达和功能关联测试解释层次结构。
作者:Miguel茱莉亚< migueljuliamolina gmail.com > Amalio Telenti < atelenti jcvi.org >,安东尼奥Rausell <安东尼奥。在isb-sib.ch rausell >
维修工:米盖尔茱莉亚< migueljuliamolina gmail.com >,安东尼奥Rausell <安东尼奥。在isb-sib.ch rausell >
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R脚本 | Sincell:分析层次结构从单细胞RNA-seq的细胞状态 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | BiomedicalInformatics,CellBiology,聚类,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,可视化 |
版本 | 1.10.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(3年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | R (> = 3.0.2),igraph |
进口 | Rcpp(> = 0.11.2),熵,scatterplot3d,质量,茶匙,ggplot2,reshape2,字段,代理平行,Rtsne,fastICA,集群,statmod |
链接 | Rcpp |
建议 | BiocStyle,knitr,biomaRt,stringr,单片眼镜 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | //www.anjoumacpherson.com/ |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
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源包 | sincell_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | sincell_1.10.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | sincell_1.10.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sincell |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/sincell/ |
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