签名者

DOI:10.18129 / B9.bioc.signeR

经验贝叶斯方法发现突变签名

Bioconductor版本:版本(3.6)

突变的签名者的包提供了一种经验贝叶斯方法签名的发现。它旨在分析单核苷酸variaton (SNV)计数在癌症基因组,但也可以应用于其他特性。功能描述签名或基因组样本根据曝光模式也提供。

作者:拉斐尔·罗萨莱斯罗德里戈·德拉蒙德,升井Valieris,以色列Tojal达席尔瓦

维护人员:升Valieris <升井。在cipe.accamargo.org.br valieris >

安装

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文档

HTML	R脚本	签名者
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文本		新闻

细节

biocViews	GenomicVariation,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod,可视化
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	NMF
进口	BiocGenerics,Biostrings,BSgenome(> = 1.36.3),类、图形、grDevicesGenomicRanges,nloptr、方法、NMF,统计,跑龙套,VariantAnnotation,PMCMR
链接	Rcpp,RcppArmadillo(> = 0.7.100)
建议	knitr,rtracklayer,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements	c++ 11
增强了
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进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	signeR_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	signeR_1.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	signeR_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/signeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/signeR/
包下载报告	下载数据