食物

DOI:10.18129 / B9.bioc.scran

单细胞RNA-Seq数据分析的方法

Bioconductor版本:版本(3.6)

实现各种低级单细胞RNA-seq数据的分析。方法提供了特异性正常化偏见,细胞周期阶段,转让和检测高度变量和显著相关的基因。

作者:亚伦Lun (aut (cre),卡斯滕巴赫(aut), Kim Jong Kyoung[所有],安东尼奥Scialdone[所有],Laleh Haghverdi(施)

维修工:亚伦Lun <阿伦在wehi.edu.au >

安装

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文档

HTML	R脚本	用食物来执行基本的单细胞RNA-seq数据的分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,GeneExpression,归一化,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组,可视化
版本	1.6.9
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4),BiocParallel,SingleCellExperiment
进口	SummarizedExperiment,S4Vectors,BiocGenerics,Rcpp(> = 0.12.14)、数据、方法、效用,图形,grDevices,矩阵,嘘,刨边机,limma,dynamicTreeCut,模糊神经网络,igraph,闪亮的,动物园,statmod,ggplot2,DT,冬青
链接	beachmat,Rcpp,Rhdf5lib
建议	testthat,BiocStyle,knitr,beachmat,HDF5Array,limSolve,org.Mm.eg.db,DESeq2,单片眼镜,Rtsne,pracma,Biobase,irlba,aroma.light
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我
进口我	基础知识,scDD
建议我	司康饼,飞溅
构建报告

包档案

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源包	scran_1.6.9.tar.gz
Windows二进制	scran_1.6.9.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	scran_1.6.9.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scran
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scran/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.6源码包	源存档