scoreInvHap

DOI:10.18129 / B9.bioc.scoreInvHap

获取预定义区域的反转状态

Bioconductor版本:Release (3.6)

scoreInvHap可以得到已知反演样本的反演状态。scoreInvHap使用SNP数据作为输入，需要以下关于反演的信息:不同单倍型的基因型频率、区域SNP与反演状态之间的R2以及参考中的杂合子基因型。该软件包包括两个著名的反演数据(8p23和17q21.31)和另外两个区域的数据。

作者:Carlos Ruiz [aut, cre]， Juan R. Gonzalez [aut]

维护者:Carlos Ruiz < Carlos . Ruiz at isglobal.org>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“scoreInvHap”)

文档

超文本标记语言	R脚本	使用scoreInvHap调用单倍型反转
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	遗传学，GenomicVariation，单核苷酸多态性，软件
版本	1.0.0
许可证	文件许可
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	Biostrings、方法、snpStats，VariantAnnotation，GenomicRanges，BiocParallel、图形、SummarizedExperiment
链接
建议	testthat，knitr，BiocStyle，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scoreInvHap_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	scoreInvHap_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	scoreInvHap_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scoreInvHap
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scoreInvHap/
软件包下载报告	下载数据