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doi：10.18129/b9.bioc.scater
用于R中基因表达数据的单细胞分析工具包
生物导体版本：版本（3.6）
一系列用于对单细胞RNA-seq基因表达数据进行各种分析的工具，重点是质量控制。
作者：戴维斯·麦卡锡（Davis McCarthy）[AUT，CRE]，Kieran Campbell [AUT]，Aaron Lun [AUT，CTB]，Quin Wills [aut]，Vladimir Kiselev [CTB]
维护者：戴维斯·麦卡锡（Davis McCarthy）
引用（从r内，输入引用（“ spater”））：
安装
要安装此软件包，请启动R并输入：
##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ scater”）
文档
| html | R脚本 | SCATER包装的介绍 |
| html | R脚本 | SCATER中的数据可视化方法 |
| html | R脚本 | 表达量化和导入 |
| html | R脚本 | 质量控制 |
| html | R脚本 | 从sceset到单圈的过渡 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 覆盖范围，，，，DataImport，，，，datarepresentation，，，，维度，，，，基因表达，，，，基础设施，，，，正常化，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录组学，，，，可视化 |
| 版本 | 1.6.3 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.3（R-3.3）（2年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | r（> = 3.4），生物酶，，，，GGPLOT2，，，，Singlecellexperiment，，，，总结性特征 |
| 进口 | Biomart，，，，生物基因，，，，Data.Table，，，，dplyr，，，，EDGER，，，，ggbeeswarm， 网格，林玛，，，，矩阵，，，，矩阵，方法，并行，plyr，，，，RESHAPE2，，，，RHDF5，，，，rjson，，，，S4VECTORS，，，，闪亮的，，，，发光的dashboard，统计tximport，utils，维里迪斯，，，，RCPP |
| 链接 | Rhdf5lib，，，，RCPP，，，，beachmat |
| 建议 | 生物使用，，，，beachmat，，，，牛仔图，，，，簇，，，，命运，，，，尼特，，，，单片，，，，mvoutlier，，，，rmarkDown，，，，RTSNE，，，，测试，，，，马格里特 |
| 系统要求 | C ++ 11 |
| 增强 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/scater/ |
| BugReports | https://support.bioconductor.org/ |
| 取决于我 | 飞溅 |
| 进口我 | 斯克兰 |
| 建议我 | 单片，，，，SC3，，，，激流回旋 |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | scater_1.6.3.tar.gz |
| Windows二进制 | scater_1.6.3.zip（32-和64位） |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | scater_1.6.3.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scater |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/scater/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
| Bioc 3.6的旧源软件包 | 来源存档 |
