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scPipe
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DOI:10.18129 / B9.bioc.scPipe
管道为单细胞RNA-seq数据分析
Bioconductor版本:版本(3.6)
为单细胞RNA-seq数据预处理管道从fastq文件和生产质量控制有关的基因数矩阵的信息。它可以处理fastq由CEL-seq生成的数据,MARS-seq Drop-seq、铬10 x和SMART-seq协议。
作者:Luyi田
维护人员:Luyi田<田。l在wehi.edu.au >
从内部引用(R,回车引用(“scPipe”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“scPipe”)
文档
| HTML | R脚本 | scPipe:灵活的数据预处理管道3 '末端scRNA-seq数据 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | GeneExpression,GenomeAnnotation,预处理,质量控制,RNASeq,SequenceMatching,测序,SingleCell,软件,可视化 |
| 版本 | 1.0.6 |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (> = 3.4),ggplot2、方法、SingleCellExperiment |
| 进口 | Rhtslib,biomaRt,GGally,质量,mclust,Rcpp(> = 0.11.3),重塑,BiocGenerics,robustbase,尺度,跑龙套,统计数据,S4Vectors,SummarizedExperiment |
| 链接 | Rcpp,Rhtslib,zlibbioc |
| 建议 | knitr,rmarkdown,testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/LuyiTian/scPipe |
| BugReports | https://github.com/LuyiTian/scPipe |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | scPipe_1.0.6.tar.gz |
| Windows二进制 | scPipe_1.0.6.zip(32位和64位) |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | scPipe_1.0.6.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scPipe |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scPipe/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
| 老BioC 3.6源码包 | 源存档 |
