regionReport

DOI:10.18129 / B9.bioc.regionReport

生成HTML或PDF报告一组基因的区域或DESeq2 /磨边机的结果

Bioconductor版本:版本(3.6)

生成HTML或PDF报告等探索一套地区annotation-agnostic表达式的结果分析,在碱基对决议由derfinder RNA-seq数据。您还可以创建报告DESeq2或磨边机的结果。

作者:达芬奇Collado-Torres (aut (cre),杰弗里·t·安德鲁·e·贾菲(aut)韭菜(aut,黑色)

维护人员:达芬奇Collado-Torres < lcollado jhu.edu >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“regionReport”)

文档

HTML	R脚本	基本的基因组区域勘探
HTML	R脚本	报告使用bumphunter结果示例
HTML	R脚本	介绍regionReport
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,DifferentialPeakCalling,RNASeq,ReportWriting,测序,软件,转录,可视化
版本	1.12.2
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.2)
进口	BiocStyle(> = 2.5.19),derfinder(> = 1.1.0),反编排,DESeq2,GenomeInfoDb,GenomicRanges,knitcitations(> = 1.0.1),knitr(> = 1.6),knitrBootstrap(> = 0.9.0)、方法RefManageR,rmarkdown(> = 0.9.5),S4Vectors,SummarizedExperiment
链接
建议	biovizBase,bumphunter(> = 1.7.6),derfinderPlot(> = 1.3.2),devtools(> = 1.6),DT,DESeq,刨边机,ggbio(> = 1.13.13),ggplot2、网格gridExtra,IRanges,mgcv,pasilla,pheatmap,RColorBrewer,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,晶须
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/leekgroup/regionReport
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/regionReport/
取决于我
进口我
建议我	重新计票
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	regionReport_1.12.2.tar.gz
Windows二进制	regionReport_1.12.2.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	regionReport_1.12.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regionReport
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/regionReport/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.6源码包	源存档