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rcellminer
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DOI:10.18129 / B9.bioc.rcellminer
rcellminer:分子资料和药物反应NCI-60细胞系
Bioconductor版本:版本(3.6)
NCI-60癌症细胞系面板已经使用在过去的几十年里作为抗癌药物的屏幕。这个小组开发作为发展治疗计划的一部分(DTP, http://dtp.nci.nih.gov/)的美国国家癌症研究所(NCI)。NCI-60数以千计的化合物已经被测试,已广泛的许多基因和蛋白质表达平台,拷贝数,突变,和其他人(莱因霍尔德,et al ., 2012)。CellMiner项目的目的(http://discover.nci.nih.gov/ CellMiner)集成来自多个平台的数据用于分析NCI-60和提供一个强大的工具来探索NCI-60套件的数据。
作者:奥古斯汀卢娜,Vinodh拉贾帕克萨法苏萨
维修工:奥古斯汀Luna < lunaa cbio.mskcc.org >, < Vinodh Vinodh拉贾帕克萨。拉贾帕克萨在nih.gov >, < Fathi Fathi Elloumi。在nih.gov elloumi >
从内部引用(R,回车引用(“rcellminer”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“rcellminer”)
文档
| HTML | R脚本 | 使用rcellminer |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | CellBasedAssays,Cheminformatics,CopyNumberVariation,GeneExpression,遗传药理学,药物基因组学,软件,SystemsBiology,可视化,aCGH,microrna的 |
| 版本 | 2.0.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(3年) |
| 许可证 | LGPL-3 +文件许可 |
| 取决于 | R (> = 3.2),Biobase,rcdk,指纹,rcellminerData(> = 2.0.0) |
| 进口 | stringr,gplots,ggplot2、方法、统计跑龙套,闪亮的 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,RColorBrewer,sqldf,BiocGenerics,testthat,BiocStyle,jsonlite,d3heatmap,glmnet,foreach,doSNOW、并行 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://discover.nci.nih.gov/cellminer/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | rcellminerData |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | rcellminer_2.0.0.tar.gz |
| Windows二进制 | rcellminer_2.0.0.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | rcellminer_2.0.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rcellminer |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/rcellminer/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
| 老BioC 3.6源码包 | 源存档 |
