ramwas

DOI:10.18129 / B9.bioc.ramwas

快Methylome-Wide协会研究管道浓缩平台

Bioconductor版本:版本(3.6)

RaMWAS methylome-wide协会研究提供了一个完整的工具集(mwa)。它是专门为数据浓缩甲基化分析为基础,但也可以应用于其他数据。分析管道包括七个步骤:(1)扫描一致从BAM读取文件,(2)计算的质量控制措施,(3)建立甲基化分数(覆盖率)矩阵,(4)主成分分析用于捕获批处理效果和检测的异常值,(5)关联分析对表型的利益而纠正顶级pc和协变量,(6)注释的重大发现,和(7)multi-marker分析使用弹性网(甲基化风险评分)。此外,RaMWAS包括methlyation和基因型数据的联合分析的工具。

作者:安德烈Shabalin (aut (cre), Shaunna L克拉克(aut),穆罕默德·W Hattab (aut),卡罗丽娜一Aberg (aut),埃德温·J C G van den Oord (aut)

维护人员:安德烈Shabalin < ashabalin vcu.edu >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“ramwas”)

文档

HTML	R脚本	1。概述
HTML	R脚本	2。CpG集
HTML	R脚本	3所示。BAM质量控制措施
HTML	R脚本	4所示。甲基化和基因型数据的联合分析
HTML	R脚本	5。分析来自其他来源的数据
HTML	R脚本	6。RaMWAS参数
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,报道,DNAMethylation,DifferentialMethylation,归一化,预处理,PrincipalComponent,质量控制,测序,软件,可视化
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(1年)
许可证	LGPL-3
取决于	R(> = 3.3.0)、方法filematrix
进口	图形、统计、跑龙套,消化,glmnet,KernSmoothgrDevices,GenomicAlignments,Rsamtools平行,biomaRt,Biostrings,BiocGenerics
链接
建议	knitr,rmarkdown,老鸨,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/ramwas/
BugReports	https://github.com/andreyshabalin/ramwas/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ramwas_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	ramwas_1.2.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ramwas_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ramwas
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ramwas/
包下载报告	下载数据