rMAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.rMAT

R实现从MAT程序规范化和分析平铺阵列和芯片-芯片数据。

Bioconductor版本:Release (3.6)

该包是MAT包的R版本，包含解析和合并Affymetrix BPMAP和CEL平铺数组文件(使用基于c++的Fusion SDK和Bioconductor包affxparser)的函数，使用特定序列模型规范化平铺数组，从ChIP-chip实验中检测富集区域。注意:用户应该安装GSL和基因组。Windows用户:“参考源发行版的inst目录中的README文件，获取必要的配置说明”。雪豹用户可以利用大中央调度增加速度的优势!

作者:Charles张，Arnaud Droit和Raphael Gottardo

维护者:Arnaud Droit < Arnaud。在crchuq.ulaval所有权。和Raphael Gottardo

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("rMAT")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“rMAT”)

PDF	R脚本	rMAT用户指南
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列，预处理，软件
版本	3.28.0
Bioconductor自	BioC 2.4 (R-2.9)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.9.0),BiocGenerics(> = 0.1.3),IRanges(> = 1.13.10),Biobase(> = 2.15.1),affxparser
进口	统计数据、方法BiocGenerics，IRanges，Biobase，affxparser, stats4
链接
建议	GenomeGraphs，rtracklayer
SystemRequirements	GNU科学图书馆
增强了
URL	http://www.rglab.org
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	rMAT_3.28.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	rMAT_3.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rMAT
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rMAT/
包下载报告	下载数据