psichomics

DOI:10.18129 / B9.bioc.psichomics

可选剪接量化、分析和可视化的图形界面

Bioconductor版本:Release (3.6)

交互式R包，具有直观的基于shine的图形界面，用于从大型转录组数据集(包括癌症基因组图谱(TCGA)和基因型-组织表达项目(GTEx)以及用户拥有的数据)中选择剪接量化和综合分析的选择剪接和基因表达。该工具可交互执行生存、降维、基于中位数和方差的差异剪接和基因表达分析，受益于临床和分子样本相关特征(如肿瘤分期或生存期)的结合。还包括对所选剪接事件的基因组图谱和功能注释的交互式可视化访问。

作者:Nuno Saraiva-Agostinho [aut, cre]， Nuno Luís Barbosa-Morais [aut, led, ths]， André Falcão [ths]， Lina Gallego Paez [ctb]， Marie Bordone [ctb]， Teresa Maia [ctb]， Mariana Ferreira [ctb]， Ana Carolina Leote [ctb]， Bernardo de Almeida [ctb]

维护者:Nuno Saraiva-Agostinho < nnodanielagostinho at gmail.com>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“psichomics”)

文档

超文本标记语言	R脚本	案例研究:命令行界面(CLI)
超文本标记语言	R脚本	案例研究:视觉界面
超文本标记语言	R脚本	自定义替代拼接注释
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing，BiomedicalInformatics，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，GUI，GeneExpression，MultipleComparison，PrincipalComponent，RNASeq，测序，软件，生存，转录，转录组，可视化
版本	1.4.5
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(1.5年)
许可证	MIT +文件许可
取决于	R (>= 3.4)，闪亮的(> = 1.0.3),shinyBS
进口	AnnotationHub，集群，colourpicker，data.table，消化，dplyr，DT(> = 0.2),刨边机，fastICA，fastmatch，ggplot2，ggrepelgrDevices,highcharter(> = 0.5.0),htmltools，httr，jsonlite，limma，miscTools，pairsD3，plyr，Rcpp(> = 0.12.14),R.utils，shinyjs，stringr统计数据,生存，工具，utils，XML，xtable、方法
链接	Rcpp
建议	testthat，knitr平行,devtools，rmarkdown，gplots，covr，车
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/nuno-agostinho/psichomics
BugReports	https://github.com/nuno-agostinho/psichomics/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	psichomics_1.4.5.tar.gz
Windows二进制	psichomics_1.4.5.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	psichomics_1.4.5.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/psichomics
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/psichomics/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档