pqsfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.pqsfinder

识别潜在的四重的形成序列

Bioconductor版本:版本(3.6)

这个包的主要功能是检测DNA序列模式可能会折叠成一个分子内G-quadruplex (G4)。与其他方法不同,这个包能够检测序列负责从完美G-runs G4s折叠包含凸起或不匹配,因此比竞争更敏感的算法。

作者:雅罗西克宝贝梅Lexa和托马斯Martinek

维修工:雅罗西克鸿<忌日。亲爱的:gmail.com >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“pqsfinder”)

文档

HTML	R脚本	pqsfinder:用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneRegulation,MotifDiscovery,SequenceMatching,软件
版本	1.6.3
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(2年)
许可证	BSD_2_clause +文件许可
取决于	Biostrings
进口	Rcpp(> = 0.12.3),GenomicRanges,IRanges,S4Vectors、方法
链接	Rcpp,黑洞(> = 1.62.0)
建议	BiocStyle,knitr,Gviz,rtracklayer,ggplot2,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,testthat
SystemRequirements	GNU, c++ 11
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	pqsfinder_1.6.3.tar.gz
Windows二进制	pqsfinder_1.6.3.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	pqsfinder_1.6.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pqsfinder
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pqsfinder/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.6源码包	源存档