Bioconductor版本:版本(3.6)
phyloseq提供了一组类和工具来促进进口、储存、分析和微生物的人口普查数据的图形化显示。
作者:保罗·j·McMurdie < joey711 gmail.com >,苏珊•福尔摩斯苏珊< stat.stanford.edu >格雷戈里·斯科特乔丹和张伯伦的贡献
维护人员:Paul j . McMurdie < joey711 gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“phyloseq”)
):
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“phyloseq”)
HTML | R脚本 | 分析装饰图案 |
HTML | R脚本 | phyloseq和DESeq2大肠癌数据 |
HTML | R脚本 | phyloseq基本装饰图案 |
HTML | R脚本 | phyloseq常见问题(FAQ) |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 分类,聚类,GeneticVariability,宏基因组,微生物组,MultipleComparison,测序,软件 |
版本 | 1.22.3 |
Bioconductor自 | BioC 2.10 (r - 2.15)(6年) |
许可证 | AGPL-3 |
取决于 | R (> = 3.4.0) |
进口 | ade4(> = 1.7.4),猿(> = 5.0),Biobase(> = 2.36.2),BiocGenerics(> = 0.22.0),biomformat(> = 1.0.0),Biostrings(> = 2.40.0),集群(> = 2.0.4),data.table(> = 1.10.4),foreach(> = 3),ggplot2(> =魅惑,igraph(> = 1.0.1)、方法(> = 3.3.0),乘(> = 2.28.0),plyr(> = 1.8.3),reshape2(> = 1.4.1),尺度(> = 0.4.0),素食主义者(> = 2.4) |
链接 | |
建议 | BiocStyle(> = 2.4),DESeq2(> = 1.16.1),genefilter(> = 1.58),knitr(> = 1.16),metagenomeSeq(> = 1.14),rmarkdown(> = 1.6),testthat(> = 1.0.2中) |
SystemRequirements | |
增强了 | doParallel(> = 1.0.10) |
URL | http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0061217 |
BugReports | https://github.com/joey711/phyloseq/issues |
取决于我 | 微生物组,战 |
进口我 | metavizr,PathoStat |
建议我 | curatedMetagenomicData,philr |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | phyloseq_1.22.3.tar.gz |
Windows二进制 | phyloseq_1.22.3.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | phyloseq_1.22.3.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phyloseq |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/phyloseq/ |
包下载报告 | 下载数据 |
老BioC 3.6源码包 | 源存档 |