- 首页
- Bioconductor 3.6
- 软件包
- pcaExplorer
pcaExplorer
 |
 |
 |
 |
 |
DOI:10.18129 / B9.bioc.pcaExplorer
使用主成分方法的RNA-seq数据的交互式可视化
Bioconductor版本:Release (3.6)
该软件包提供了基于主成分分析的RNA-seq数据集的交互式可视化功能。所提供的方法允许快速提取信息和有效的数据探索。Shiny应用程序封装了整个分析。
作者:Federico Marini [aut, cre]
维护者:Federico Marini
引文(从R内，输入引用(“pcaExplorer”))：
安装
要安装这个包，启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“pcaExplorer”)
文档
| 超文本标记语言 | R脚本 | pcaExplorer用户指南 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DimensionReduction，GUI，PrincipalComponent，质量控制，RNASeq，ReportWriting，软件，可视化 |
| 版本 | 测试盒框 |
| 在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(2年) |
| 许可证 | MIT +文件许可 |
| 取决于 | |
| 进口 | DESeq2，SummarizedExperiment，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，genefilter，ggplot2(> = 2.0.0),d3heatmap，尺度，NMF，plyr，topGO，limma，GOstats，GO.db，AnnotationDbi，闪亮的(> = 0.12.0),shinydashboard，shinyBS，ggrepel，DT，shinyAce，threejs，biomaRt，pheatmap，knitr，rmarkdown，tidyr， grDevices，方法 |
| 链接 | |
| 建议 | testthat，BiocStyle，气道，org.Hs.eg.db |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/federicomarini/pcaExplorer |
| BugReports | https://github.com/federicomarini/pcaExplorer/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | 理想的 |
| 建议我 | DASC |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | pcaExplorer_2.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | pcaExplorer_2.4.0.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | pcaExplorer_2.4.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pcaExplorer |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/pcaExplorer/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
