paxtoolsr

DOI:10.18129 / B9.bioc.paxtoolsr

通过BioPAX PaxtoolsR:从多个数据库访问路径,路径

Bioconductor版本:版本(3.6)

R的包提供了一组功能与使用Paxtools BioPAX OWL文件进行交互和查询路径共享(PC)分子间相互作用数据库计算生物学中心主办的纪念斯隆-凯特琳癌症中心(MSKCC)。途径共享数据库包括:绑定,BioGRID乔鲁姆,仪,探底,DrugBank, HPRD, HumanCyc,完好无损,KEGG, MirTarBase,豹,PhosphoSitePlus, Reactome,侦察,TRANSFAC。

作者:奥古斯汀卢娜

维修工:奥古斯汀Luna < lunaa cbio.mskcc.org >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“paxtoolsr”)

文档

HTML	R脚本	使用PaxtoolsR
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文本		新闻

细节

biocViews	GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,KEGG,网络,NetworkEnrichment,通路,Reactome,软件,SystemsBiology
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(3.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 3.2),rJava(> = 0.9 8),XML
进口	httr,igraph,plyr,rjson,R.utils,data.table,jsonlite
链接
建议	testthat,knitr,BiocStyle,rmarkdown,RColorBrewer,biomaRt,雌激素,affy,hgu95av2,hgu95av2cdf,limma,foreach,doSNOW平行,org.Hs.eg.db
SystemRequirements	Java (> = 1.6)
增强了
URL	https://github.com/BioPAX/paxtoolsr
取决于我
进口我
建议我	RCy3
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	paxtoolsr_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	paxtoolsr_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	paxtoolsr_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/paxtoolsr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/paxtoolsr/
包下载报告	下载数据