oneChannelGUI

DOI:10.18129 / B9.bioc.oneChannelGUI

这个包是Bioconductor的3.6版本。这个包已经从Bioconductor删除。最后稳定,最新的发布版本,请参阅oneChannelGUI。

图形界面设计来促进微阵列分析和microrna / RNA-seq数据在笔记本电脑上

Bioconductor版本:版本(3.6)

这个包是简化开发使用Bioconductor工具对初学者有有限或没有经验编写R代码。这个库提供了一个图形界面的微阵列基因外显子水平分析以及microrna / mRNA-seq数据分析

作者:Raffale Calogero,生物信息学和基因组学,分子生物技术中心,都灵(意大利)

维护人员:拉斐尔Calogero <拉斐尔。在unito.it calogero >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“oneChannelGUI”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“oneChannelGUI”)

PDF	R脚本	oneChannelGUI安装
PDF		oneChannelGUI微阵列exon-level数据分析概述
PDF		oneChannelGUI微阵列能够数据分析概述
PDF		oneChannelGUI microrna和RNA-seq数据分析概述
PDF		oneChannelGUI独立功能
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,DifferentialExpression,GUI,微阵列,MultipleComparison,OneChannel,预处理,质量控制,RNASeq,测序,软件,StatisticalMethod
版本	1.41.0
Bioconductor自	BioC 2.0 (r - 2.5)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase,affylmGUI,tkrplot,tkWidgets,IRanges,Rsamtools(> = 1.13.1),Biostrings,siggenes,嵌合体
进口
链接
建议	注释,genefilter,maSigPro,pamr,pdmclass,ChIPpeakAnno,chipseq,BSgenome,Rgraphviz,affy,annaffy,affyPLM,乘,ssize,sizepower,RankProd,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db,刨边机,metaArray,MergeMaid,biomaRt,GenomeGraphs,AffyCompatible,rtracklayer,Genominator,EDASeq,limma,DESeq,DEXSeq,goseq,hugene10sttranscriptcluster.db,mogene10sttranscriptcluster.db,ragene10sttranscriptcluster.db,GOstats,AnnotationDbi,preprocessCore,baySeq,HuExExonProbesetLocation,MoExExonProbesetLocation,RaExExonProbesetLocation,雪,RmiR,RmiR.Hs.miRNA,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,R.utils,腰带,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9,BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn4,DESeq2,GenomicAlignments,BiocParallel,KEGG.db,miRNApath,miRNAtap,miRNAtap.db
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinformatica.unito.it/oneChannelGUI/
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	oneChannelGUI_1.41.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	oneChannelGUI_1.43.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oneChannelGUI
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/oneChannelGUI/
包下载报告	下载数据