奥利戈

doi：10.18129/b9.bioc.oligo

寡核苷酸阵列的预处理工具

生物导体版本：版本（3.6）

用于分析探针级别的寡核苷酸阵列（表达/SNP/瓷砖/外显子）的包装。它当前支持Affymetrix（CEL文件）和Nimblegen数组（XYS文件）。

作者：Benilton Carvalho和Rafael Irizarry

维护者：benilton carvalho

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细节

生物浏览	DataImport，，，，差异性，，，，exonarray，，，，基因表达，，，，微阵列，，，，Onechannel，，，，预处理，，，，SNP，，，，软件，，，，两通道
版本	1.42.0
在生物导体中	Bioc 2.0（R-2.5）（11年）
执照	LGPL（> = 2）
要看	r（> = 3.2.0），生物基因（> = 0.13.11），寡群（> = 1.29.6），生物酶（> = 2.27.3），生物弦（> = 2.35.12）
进口	affyio（> = 1.35.0），affxparser（> = 1.39.4），DBI（> = 0.3.1），ff，图形，方法，预处理（> = 1.29.0），rsqlite（> = 1.0.0），花键，统计，统计4，utils，Zlibbioc
链接	预处理
建议	bsgenome.hsapiens.ucsc.hg18，，，，hapmap100kxba，，，，pd.hg.u95av2，，，，pd.mapping50k.xba240，，，，pd.huex.1.0.st.v2，，，，pd.hg18.60mer.expr，，，，pd.hugene.1.0.st.v1，，，，maqcexpression4plex，，，，GeneFilter，，，，林玛，，，，rcolorbrewer，，，，寡头，，，，生物使用，，，，尼特，，，，运行，，，，Biomart，，，，AnnotationDbi，，，，基因组，，，，rcurl，，，，Acme，，，，Biomart，，，，AnnotationDbi，，，，基因组，，，，rcurl
系统要求
增强	ff，，，，DOMC，，，，DOMPI
URL
取决于我	斜体，，，，寡头，，，，pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1，，，，PD.2006.07.18.hg18.refseq.promoter，，，，PD.2006.07.18.mm8.refseq.promoter，，，，PD.2006.10.31.RN34.REFSEQ.PROMOTER，，，，pd.ag，，，，pd.aragene.1.0.st，，，，pd.aragene.1.1.st，，，，pd.atdschip.tiling，，，，PD.ATH1.121501，，，，pd.barley1，，，，pd.bovgene.1.0.st，，，，pd.bovgene.1.1.st，，，，pd.bovine，，，，pd.bsubtilis，，，，pd.cangene.1.0.st，，，，pd.cangene.1.1.st，，，，pd，，，，pd.canine.2，，，，pd.celegans，，，，pd.charm.hg18.example，，，，pd.Chicken，，，，pd.Chigene.1.0.st，，，，pd.Chigene.1.1.st，，，，pd.Chogene.2.0.st，，，，pd.Chogene.2.1.st，，，，pd.Citrus，，，，pd.clariom.d.human，，，，pd.clariom.s.s.human，，，，pd.clariom.s.human.ht，，，，PD.Clariom.S.Mouse，，，，pd.clariom.s.mouse.ht，，，，pd.clariom.s.rat，，，，pd.clariom.s.rat.ht，，，，PD.Cotton，，，，pd.Cyngene.1.0.St，，，，pd.Cyngene.1.1.st，，，，pd.cyrgene.1.0.st，，，，pd.cyrgene.1.1.st，，，，pd.cytegenetics.array，，，，pd.drogene.1.0.st，，，，pd.drogene.1.1.st，，，，pd.Drosgenome1，，，，PD.Drosophila.2，，，，PD.E.COLI.2，，，，pd.ecoli，，，，pd.ecoli.asv2，，，，pd.elegene.1.0.st，，，，pd.elegene.1.1.st，，，，pd.Equgene.1.0.st，，，，pd.Equgene.1.1.st，，，，pd.feinberg.hg18.me.hx1，，，，pd.feinberg.mm8.me.hx1，，，，pd.felgene.1.0.st，，，，pd.felgene.1.1.st，，，，pd.fingene.1.0.st，，，，pd.fingene.1.1.st，，，，pd.Genomewidenp.5，，，，pd.Genomewidenp.6，，，，pd.guigene.1.0.st，，，，pd.Guigene.1.1.st，，，，PD.HC.G110，，，，pd.hg.Focus，，，，pd.hg.u133.plus.2，，，，pd.hg.u133a，，，，pd.hg.u133a.2，，，，pd.hg.u133a.tag，，，，pd.hg.u133b，，，，pd.hg.u219，，，，pd.hg.u95a，，，，pd.hg.u95av2，，，，pd.hg.u95b，，，，pd.hg.u95c，，，，pd.hg.u95d，，，，pd.hg.u95e，，，，pd.hg18.60mer.expr，，，，pd.ht.hg.u133.plus.pm，，，，pd.ht.hg.u133a，，，，pd.ht.mg.430a，，，，pd.hta.2.0，，，，pd.hu6800，，，，pd.huex.1.0.st.v2，，，，pd.hugene.1.0.st.v1，，，，pd.hugene.1.1.st.v1，，，，pd.hugene.2.0.st，，，，pd.hugene.2.1.st，，，，pd.maize，，，，pd.mapping250k.nsp，，，，pd.mapping250k.Sty，，，，pd.mapping50k.hind240，，，，pd.mapping50k.xba240，，，，pd.margene.1.0.st，，，，pd.margene.1.1.st，，，，pd.medgene.1.0.st，，，，pd.Medgene.1.1.st，，，，pd.Medicago，，，，pd.mg.u74a，，，，pd.mg.u74av2，，，，pd.mg.u74b，，，，pd.mg.u74bv2，，，，pd.mg.u74c，，，，pd.mg.u74cv2，，，，pd.mirna.1.0，，，，pd.mirna.2.0，，，，pd.mirna.3.0，，，，pd.mirna.3.1，，，，pd.mirna.4.0，，，，pd.moe430a，，，，pd.moe430b，，，，pd.moex.1.0.st.v1，，，，pd.mogene.1.0.st.v1，，，，pd.mogene.1.1.st.v1，，，，pd.mogene.2.0.st，，，，pd.mogene.2.1.st，，，，PD.Mouse430.2，，，，PD.Mouse430a.2，，，，pd.mta.1.0，，，，pd.mu11ksuba，，，，pd.mu11ksubb，，，，pd.nugo.hs1a520180，，，，pd.nugo.mm1a520177，，，，pd.ovigene.1.0.st，，，，pd.ovigene.1.1.st，，，，pd.pae.g1a，，，，pd.plasmodium.anopheles，，，，PD.Poplar，，，，pd.porcine，，，，pd.porgene.1.0.st，，，，pd.porgene.1.1.st，，，，pd.rabgene.1.0.st，，，，pd.rabgene.1.1.st，，，，PD.RAE230A，，，，PD.RAE230b，，，，pd.raex.1.0.st.v1，，，，pd.ragene.1.0.st.v1，，，，pd.ragene.1.1.st.v1，，，，pd.ragene.2.0.st，，，，pd.ragene.2.1.st，，，，PD.RAT230.2，，，，pd.rcngene.1.0.st，，，，pd.rcngene.1.1.st，，，，pd.rg.u34a，，，，pd.rg.u34b，，，，pd.rg.u34c，，，，pd.rhegene.1.0.st，，，，pd.rhegene.1.1.st，，，，pd.RESUS，，，，pd.rice，，，，pd.rjpgene.1.0.st，，，，pd.rjpgene.1.1.st，，，，PD.RN.U34，，，，pd.rta.1.0，，，，pd.rusgene.1.0.st，，，，pd.rusgene.1.1.st，，，，pd.s.aureus，，，，pd.soybean，，，，pd.soygene.1.0.st，，，，pd.soygene.1.1.st，，，，pd.sugar.cane，，，，pd.tomato，，，，pd.u133.x3p，，，，pd.Vinifera，，，，pd.wheat，，，，pd.x.laevis.2，，，，pd.x.tropicalis，，，，pd.xenopus.laevis，，，，pd.yeast.2，，，，pd.yg.s98，，，，pd.zebgene.1.0.st，，，，pd.zebgene.1.1.st，，，，pd.zebrafish，，，，pdinfobuilder，，，，彪马，，，，Pumadata，，，，扫描，，，，波动
进口我	ArrayExpress，，，，魅力，，，，CN.Farms，，，，杂交，，，，FRMA，，，，斜体，，，，mimager
建议我	生物基因，，，，fastseg，，，，Frmatools，，，，hapmap100khind，，，，hapmap100kxba，，，，hapmap500knsp，，，，hapmap500ksty，，，，hapmapsnp5，，，，hapmapsnp6，，，，maqcexpression4plex
构建报告

包装档案

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