ndexr

DOI:10.18129 / B9.bioc.ndexr

NDEx R客户端库

Bioconductor版本:版本(3.6)

这个包提供了一个接口NDEx服务器,如公共服务器http://ndexbio.org/。它可以通过API检索和保存网络。网络是提供作为RCX对象和igraph表示。

作者:弗兰克•克雷默在med.uni-goettingen.de > < frank.kramer Florian奥尔<弗洛里安。Alex Ishkin奥尔med.uni-goettingen.de >, <亚历山大。ishkin thomsonreuters.com >,德克斯特普拉特< depratt ucsc.edu >

维护人员:Florian奥尔<弗洛里安。奥氏小体在med.uni-goettingen.de >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“ndexr”)

文档

HTML	R脚本	NDExR装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,网络,通路,软件
版本	1.0.4
许可证	BSD
取决于	igraph
进口	httr,jsonlite,plyr,tidyr
链接
建议	BiocStyle,testthat,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/frankkramer-lab/ndexr
BugReports	https://github.com/frankkramer-lab/ndexr/issues
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ndexr_1.0.4.tar.gz
Windows二进制	ndexr_1.0.4.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ndexr_1.0.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ndexr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ndexr/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.6源码包	源存档