multiClust

DOI:10.18129 / B9.bioc.multiClust

multiClust:用于识别癌症转录组谱中生物学相关簇的r包

Bioconductor版本:Release (3.6)

进行聚类以识别转录组谱中的模式,以确定临床相关的患者亚组。特征(基因)选择是这个过程中至关重要的组成部分。目前,有许多特征选择和聚类方法来识别相关基因并对样本进行聚类。然而,选择一种合适的方法是困难的。此外,现有的软件包还不支持广泛的特性选择方法。因此,我们开发了一个名为multiClust的集成r包,允许研究人员轻松地对基因选择和聚类方法的组合进行实验。使用multiClust,我们确定了在临床结果的背景下表现最好的聚类方法。我们的观察表明,只要选择适当数量的基因,简单的方法,如基于方差的排名,在大多数数据集上表现良好。然而,不同的基因排序和选择方法仍然是相关的,因为没有一种方法适用于所有的研究。

作者:Nathan Lawlor [aut, cre],管培勇[aut], Alec Fabbri [aut], Krish Karuturi [aut], Joshy George [aut]

维护者:Nathan Lawlor < Nathan。Lawlor03在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“multiClust”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“multiClust”)

文档

超文本标记语言 R脚本 multiClust指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类FeatureExtractionGeneExpression软件生存
版本 1.8.2
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(2年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于
进口 mclustctc生存集群dendextend北极监测和评估方案,图形,grDevices
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建议 knitrgplotsRUnitBiocGenericspreprocessCoreBiobaseGEOquery
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源包 multiClust_1.8.2.tar.gz
Windows二进制 multiClust_1.8.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) multiClust_1.8.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multiClust
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/multiClust/
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