multiClust

DOI:10.18129 / B9.bioc.multiClust

multiClust:用于识别癌症转录组谱中生物学相关簇的r包

Bioconductor版本:Release (3.6)

进行聚类以识别转录组谱中的模式，以确定临床相关的患者亚组。特征(基因)选择是这个过程中至关重要的组成部分。目前，有许多特征选择和聚类方法来识别相关基因并对样本进行聚类。然而，选择一种合适的方法是困难的。此外，现有的软件包还不支持广泛的特性选择方法。因此，我们开发了一个名为multiClust的集成r包，允许研究人员轻松地对基因选择和聚类方法的组合进行实验。使用multiClust，我们确定了在临床结果的背景下表现最好的聚类方法。我们的观察表明，只要选择适当数量的基因，简单的方法，如基于方差的排名，在大多数数据集上表现良好。然而，不同的基因排序和选择方法仍然是相关的，因为没有一种方法适用于所有的研究。

作者:Nathan Lawlor [aut, cre]，管培勇[aut]， Alec Fabbri [aut]， Krish Karuturi [aut]， Joshy George [aut]

维护者:Nathan Lawlor < Nathan。Lawlor03在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“multiClust”)

文档

超文本标记语言	R脚本	multiClust指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，FeatureExtraction，GeneExpression，软件，生存
版本	1.8.2
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(2年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于
进口	mclust，ctc，生存，集群，dendextend，北极监测和评估方案，图形，grDevices
链接
建议	knitr，gplots，RUnit，BiocGenerics，preprocessCore，Biobase，GEOquery
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	multiClust_1.8.2.tar.gz
Windows二进制	multiClust_1.8.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	multiClust_1.8.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multiClust
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/multiClust/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档