msmsTests

DOI:10.18129 / B9.bioc.msmsTests

质/ MS微分表达式测试

Bioconductor版本:版本(3.6)

统计测试label-free质/ MS数据光谱计数,发现两个生物条件之间的差异表达蛋白质。三个测试是可用的:漠视泊松回归,quasi-likelihood GLM回归的负二项磨边机包。这三个模型承认nuissance阻塞因素控制变量。保证良好的再现性测试后过滤器是可用的,我们可以设置最小影响大小考虑biologicaly有关,和最低表达最丰富的条件。

作者:约瑟Gregori,亚历克斯·桑切斯和约瑟普维拉纽瓦

维护人员:约瑟Gregori我字体<约瑟。在gmail.com gregori >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“msmsTests”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“msmsTests”)

PDF	R脚本	通过阻断msmsTests:批处理控制效果
PDF	R脚本	msmsTests:发布测试过滤器来提高再现性
PDF		参考手册

细节

biocViews	MassSpectrometry,蛋白质组学,软件
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(4.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.0.1),MSnbase,msmsEDA
进口	刨边机,qvalue
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	MSnID,RforProteomics
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	msmsTests_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	msmsTests_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	msmsTests_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msmsTests
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/msmsTests/
包下载报告	下载数据