MSA

doi:10.18129/b9.bioc.msa

多序列比对

生物导体版本:版本(3.6)

“ MSA”软件包为多个序列比对算法Clustalw,Clustalomega和Muscle提供了统一的R/生物导体界面。所有三种算法都集成在包装中,因此,它们不依赖任何外部软件工具,并且适用于所有主要平台。多个序列比对算法是通过使用乳胶包装TexShade贴印多个序列比对的函数来补充的。

作者:Enrico Bonatesta,Christoph Horejs-Kainrath,Ulrich Bodenhofer

维护者:ulrich bodenhofer

引用(从r内,输入引用(“ MSA”)):

安装

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##尝试http://如果不支持https:// URL不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ msa”)

文档

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Browsevignettes(“ MSA”)

PDF R脚本 MSA-用于多个序列对齐的R软件包
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 结盟,,,,多重组合,,,,乘以quessequealignment,,,,测序,,,,软件
版本 1.10.0
在生物导体中 Bioc 3.1(R-3.2)(3年)
执照 GPL(> = 2)
要看 r(> = 3.1.0),方法,生物弦(> = 2.40.0)
进口 RCPP(> = 0.11.1),生物基因,,,,iranges(> = 1.20.0),S4VECTORS, 工具
链接 RCPP
建议 生物酶,,,,尼特,,,,seqinr,,,,,,,,Phangorn
系统要求 gnu做
增强
URL http://www.bioinf.jku.at/software/msa/
取决于我
进口我 淋巴索,,,,odseq
建议我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 msa_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 MSA_1.10.0.ZIP(32-和64位)
Mac OS X 10.11(El Capitan) msa_1.10.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msa
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/msa/
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