Motifbreakr

doi：10.18129/b9.bioc.motifbreakr

用于预测转录因子结合位点上单核苷酸多态性的破坏性的包装

生物导体版本：版本（3.6）

我们介绍了Motifbreakr，该主题允许生物学家首先判断多态性的序列是否是一个很好的匹配，而第二个相对于另一个多态性的等位基因，获得或丢失了多少信息。在以前的产品中，Motifbreakr既灵活又可扩展。提供了用户可以选择的公共资源图案的基因组询问算法的选择；这些是1）加权和概率矩阵，2）对数概率和3）通过相对熵加权。Motifbreakr可以预测公共数据库中新颖或先前描述的变体的效果，使其适合其原始设计范围之外的任务。最后，它可以用来询问生物导体中策划的任何基因组（目前有22个）。

作者：Simon Gert Coetzee [AUT，CRE] Dennis J. Hazelett [AUT]

维护者：Simon Gert Coetzee

安装

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文档

html	R脚本	Motifbreakr：介绍
PDF		参考手册

细节

生物浏览	chipseq，，，，图案，，，，软件，，，，可视化
版本	1.8.0
在生物导体中	Bioc 3.2（R-3.2）（2。5年）
执照	GPL-2
要看	r（> = 3.2），网格，主题
进口	方法，编译器，grdevices，格里姆波特，，，，Stringr，，，，生物基因，，，，S4VECTORS（> = 0.9.25），iranges，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，生物弦，，，，BSGENOME，，，，rtracklayer，，，，变体，，，，生物比较，，，，Motifstack，，，，GVIZ，，，，矩阵，，，，TFMPVALUE
链接
建议	bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER7，，，，生物使用
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/simon-coetzee/motifbreakr/issues
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包装档案

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源包	Motifbreakr_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	Motifbreakr_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	Motifbreakr_1.8.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifbreakr
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/motifbreakr/
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