methylPipe

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylPipe

基本解决DNA甲基化数据分析

Bioconductor版本:版本(3.6)

内存效率分析的基础解决DNA甲基化数据在中央人民政府和non-CpG序列上下文。DNA甲基化数据来自任何方法的集成提供基础——或低分辨率的数据。

作者:卡马尔•基

维护人员:Kamal基肖尔<卡马尔。在gmail.com fartiyal84 >

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PDF	R脚本	methylPipe.pdf
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细节

biocViews	报道,DNAMethylation,MethylSeq,测序,软件
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(3.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.2.0)、方法grDevices,图形、属性、跑龙套,GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 0.2.0),Rsamtools
进口	marray,gplots,IRanges,BiocGenerics,Gviz,GenomicAlignments,Biostrings平行,data.table,GenomeInfoDb,S4Vectors
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,knitr,MethylSeekR
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	ListerEtAlBSseq
进口我	compEpiTools
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	methylPipe_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	methylPipe_1.12.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	methylPipe_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylPipe
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylPipe/
包下载报告	下载数据