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metagenomeSeq
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DOI:10.18129 / B9.bioc.metagenomeSeq
统计分析稀疏的高通量测序
Bioconductor版本:版本(3.6)
metagenomeSeq旨在确定功能(操作Taxanomic单元(OTU)、物种等)丰富的两个或两个以上的组之间不同的多个样本。metagenomeSeq旨在解决标准化和under-sampling微生物群落的影响对疾病协会检测和测试功能的相关性。
作者:约瑟夫•保尔森纳撒尼尔·内森·d·奥尔森贾斯廷·瓦格纳Hisham Talukder,国王流行,赫克托耳Corrada布拉沃
维修工:约瑟夫·n·保尔森< jpaulson jimmy.harvard.edu >
从内部引用(R,回车引用(“metagenomeSeq”)):
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browseVignettes (“metagenomeSeq”)
| R脚本 | 通过时间或地点fitTimeSeries:微分丰度分析 | |
| R脚本 | metagenomeSeq:统计分析稀疏的高通量测序 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 分类,聚类,DifferentialExpression,GeneticVariability,宏基因组,微生物组,MultipleComparison,归一化,测序,软件,可视化 |
| 版本 | 1.20.1 |
| Bioconductor自 | BioC 2.12 (r - 3.0)(5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 3.0),Biobase,limma,glmnet、方法、RColorBrewer |
| 进口 | 平行,matrixStats,foreach,矩阵,gplots |
| 链接 | |
| 建议 | 注释,BiocGenerics,biomformat,knitr,gss,testthat(> = 0.8),素食主义者,interactiveDisplay |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/nosson/metagenomeSeq/ |
| BugReports | https://github.com/nosson/metagenomeSeq/issues |
| 取决于我 | etec16s,metavizr,msd16s |
| 进口我 | metagenomeFeatures |
| 建议我 | curatedMetagenomicData,interactiveDisplay,phyloseq |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | metagenomeSeq_1.20.1.tar.gz |
| Windows二进制 | metagenomeSeq_1.20.1.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | metagenomeSeq_1.20.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagenomeSeq |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/metagenomeSeq/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
| 老BioC 3.6源码包 | 源存档 |
