metagenomeFeatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.metagenomeFeatures

探索标志基因序列分类注释

Bioconductor版本:版本(3.6)

metagenomeFeatures开发用于探索标志基因的分类注释宏基因组序列数据集。包可以用来探索标志基因的分类组成数据库或注释从标志基因序列metagenome实验。

作者:内森·d·奥尔森,约瑟夫·保尔森纳撒尼尔·赫克托耳Corrada布拉沃

维护人员:内森·d·奥尔森在umiacs.umd.edu < nolson >

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文档

HTML	R脚本	示例16 s注释工作流
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PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,基础设施,宏基因组,微生物组,测序,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4),Biobase(> = 2.17.8)
进口	Biostrings(> = 2.36.4),ShortRead(> = 1.26.0),dplyr(> = 0.7.0),dbplyr(> = 1.0.0),stringr(> = 1.0.0),lazyeval(> = 0.1.10),RSQLite(> = 1.0.0),magrittr(> = 1.5)、方法(> = 3.3.1),晶格(> = 0.20.33),metagenomeSeq(> = 1.14.2),猿(> = 3.5),purrr(> = 0.2.2)
链接
建议	knitr(> = 1.11),msd16s(> = 0.102.0),testthat(> = 0.10.0),rmarkdown(> = 1.3)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/HCBravoLab/metagenomeFeatures
BugReports	https://github.com/HCBravoLab/metagenomeFeatures/issues
取决于我
进口我	greengenes13.5MgDb
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	metagenomeFeatures_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	metagenomeFeatures_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	metagenomeFeatures_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagenomeFeatures
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/metagenomeFeatures/
包下载报告	下载数据