metagene

DOI:10.18129 / B9.bioc.metagene

用于产生元基因图的软件包

Bioconductor版本:Release (3.6)

该软件包产生元基因图，以比较dna相互作用蛋白在选定的基因/特征组中的行为。Bam文件用于提高分辨率。一组bam文件和/或一组基因组区域的多个组合可以在一次分析中进行比较。自举分析用于比较组和定位具有统计上不同富集剖面的区域。

作者:Charles Joly Beauparlant < Charles。Joly-beauparlant at crchul. ulval .ca>，Fabien Claude Lamaze , Rawane Samb , Cedric Lippens , Astrid Louise Deschenes and Arnaud Droit .

维护者:Charles Joly Beauparlant < Charles。Joly-beauparlant at crchul. ulval .ca>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“metagene”)

文档

超文本标记语言	R脚本	元基因简介
超文本标记语言	R脚本	元基因简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，报道，遗传学，MultipleComparison，测序，软件
版本	2.10.1
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(3.5年)
许可证	artist -2.0 |文件许可
取决于	R (>= 3.4.0)，R6(> = 2.0),GenomicRanges，BiocParallel
进口	rtracklayer，gplots、工具、GenomicAlignments，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，IRanges，ggplot2，muStat，Rsamtools，DBChIP，matrixStats，purrr，data.table，magrittr，方法，utils，ensembldb，EnsDb.Hsapiens.v86，stringr
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，similaRpeak，knitr，BiocStyle，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/CharlesJB/metagene/issues
全靠我	Imetagene
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	metagene_2.10.1.tar.gz
Windows二进制	metagene_2.10.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	metagene_2.10.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagene
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/metagene/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档