Bioconductor版本:版本(3.6)
光民包提供了一个集成解决方案的Illumina公司微阵列数据分析。它包括功能Illumina公司BeadStudio (GenomeStudio)数据输入,质量控制,BeadArray-specific方差稳定,标准化和基因注释在调查水平。它还包括处理Illumina公司甲基化芯片的功能,尤其是Illumina公司英飞纳姆甲基化芯片。
作者:杜潘理查德•Bourgon林帮冯,西蒙
维护人员:杜潘< dupan。邮件在gmail.com >, Lei黄< lhuang bsd.uchicago.edu >,帮派冯< g-feng northwestern.edu >
从内部引用(R,回车引用(“光民”)
):
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite(“光民”)
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DNAMethylation,微阵列,OneChannel,预处理,质量控制,软件,TwoChannel |
版本 | 2.30.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.0 (r - 2.5)(11年) |
许可证 | LGPL (> = 2) |
取决于 | R (> = 2.10),Biobase(> = 2.5.5) |
进口 | affy(> = 1.23.4),methylumi2.3.2 (> =)GenomicFeatures,GenomicRanges,注释,晶格,mgcv(1.4 > = 0),nleqslv,KernSmooth,preprocessCore,RSQLite,DBI,AnnotationDbi,质量、图形、数据、stats4方法 |
链接 | |
建议 | beadarray,limma,vsn,lumiBarnes,lumiHumanAll.db,lumiHumanIDMapping,genefilter,RColorBrewer |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | arrayMvout,ffpeExampleData,iCheck,lumiBarnes,lumiHumanIDMapping,lumiMouseIDMapping,lumiRatIDMapping,MAQCsubset,MAQCsubsetILM,mvoutData,西瓜 |
进口我 | anamiR,ffpe,methyAnalysis,MineICA |
建议我 | beadarray,blima,哈曼,methylumi,tigre |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | lumi_2.30.0.tar.gz |
Windows二进制 | lumi_2.30.0.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | lumi_2.30.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lumi |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/lumi/ |
包下载报告 | 下载数据 |