hiAnnotator

DOI:10.18129 / B9.bioc.hiAnnotator

用于注释grange对象的函数

Bioconductor版本:Release (3.6)

hiAnnotator包含一组函数，允许用户用自定义的一组注释来注释grange对象。这个包的基本原理是取两个带有公共seqname集(即染色体)的GRanges对象(查询和主题)，并从匹配seqname的查询和从主题(即基因或cpg岛)的查询中返回每个seqname和行相关的注释。该包带有三种类型的注释函数，用于计算来自查询的位置是:在一个特征内、一个特征附近或在定义的窗口大小中计数特征。此外，每个功能都配备了并行后端，以利用foreach包。此外，该包还配备了包装器函数，可以查找从公共数据帧生成grange对象所需的适当列。

作者:Nirav V Malani

维护:Nirav V Malani

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("hiAnnotator")

文档

超文本标记语言	R脚本	使用hiAnnotator
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，软件
版本	1.12.0
在Bioconductor公司	BioC 3.0 (R-3.1)(3.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	GenomicRanges， r (>= 2.10)
进口	foreach，迭代器，rtracklayer，dplyr，BSgenome，ggplot2，尺度、方法
链接
建议	knitr，doParallel，testthat，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	hiReadsProcessor
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	hiAnnotator_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	hiAnnotator_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	hiAnnotator_1.12.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/hiAnnotator
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hiAnnotator/
软件包下载报告	下载数据