ggbio

DOI:10.18129 / B9.bioc.ggbio

基因组数据的可视化工具

Bioconductor版本:Release (3.6)

ggbio包扩展并专门化了生物数据的图形语法。这些图表旨在回答常见的科学问题，特别是那些经常被问到的高通量基因组数据。在适当的情况下，支持所有核心Bioconductor数据结构。该软件包支持特定基因组区域的详细视图，以及全基因组概述。支持的概览包括表意文字和大线性视图。高级图包括序列片段长度、到数据视图的边链接间隔、不匹配堆积和几个拼接摘要。

作者:尹腾飞[aut]， Michael Lawrence [aut, ths, cre]， Dianne Cook [aut, ths]， Johannes Rainer [ctb]

维护者:Michael Lawrence < Lawrence。Michael在gene.com>上报道

安装

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文档

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PDF		第0部分:介绍和快速入门
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施，软件，可视化
版本	1.26.1
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,BiocGenerics，ggplot2(> = 1.0.0)
进口	网格，grDevices，图形，统计，utils，gridExtra，尺度，reshape2，gtable，Hmisc，biovizBase(> = 1.23.3),Biobase，S4Vectors(> = 0.13.13),IRanges(> = 2.11.16),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.29.14),SummarizedExperiment，Biostrings，Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),BSgenome，VariantAnnotation(> = 1.11.4),rtracklayer(> = 1.25.16),GenomicFeatures(> = 1.29.11),OrganismDbi，GGally，ensembldb(> = 1.99.13),AnnotationDbi，AnnotationFilter
链接
建议	vsn，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，Homo.sapiens，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，chipseq，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，knitr，BiocStyle，testthat，EnsDb.Hsapiens.v75，tinytex
SystemRequirements
增强了
URL	http://tengfei.github.com/ggbio/
BugReports	https://github.com/tengfei/ggbio/issues
全靠我	咖啡馆，彗星，intansv
进口我	amplican，derfinderPlot，FourCSeq，gwascat，msgbsR，π，R3CPET，Rariant，ReportingTools，RiboProfiling，SomaticSignatures
建议我	beadarray，chromstaR，ensembldb，GoogleGenomics，gQTLstats，interactiveDisplay，regionReport，RnBeads，Single.mTEC.Transcriptomes，SomaticCancerAlterations
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ggbio_1.26.1.tar.gz
Windows二进制	ggbio_1.26.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ggbio_1.26.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggbio
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ggbio/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档