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genotypeeval
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DOI:10.18129 / B9.bioc.genotypeeval
gVCF或VCF文件的QA/QC
Bioconductor版本:Release (3.6)
采用gVCF或VCF并报告度量标准以评估呼叫质量。
作者:Jennifer Tom [aut, cre]
维护者:Jennifer Tom < Tom。Jennifer在gene.com>上报道
引文(从R内，输入引用(“genotypeeval”))：
安装
要安装这个包，启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“基因类型eval”)
文档
| 超文本标记语言 | genotypeeval_vignette.html | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | BatchEffect，DataImport，遗传学，单核苷酸多态性，测序，软件，VariantAnnotation |
| 版本 | 1.10.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.2 (R-3.2)(2.5年) |
| 许可证 | 文件许可 |
| 取决于 | R (>= 3.3.0)，VariantAnnotation |
| 进口 | ggplot2，rtracklayer，BiocGenerics，GenomicRanges，GenomeInfoDb，IRanges、方法、BiocParallel，Rtsne、图形、统计 |
| 链接 | |
| 建议 | rmarkdown，testthat，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | genotypeeval_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | genotypeeval_1.10.0.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | genotypeeval_1.10.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genotypeeval |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/genotypeeval/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
