Bioconductor版本:版本(3.6)
这个包提供了一个高层次的R接口CoreArray基因组数据结构(GDS)数据文件,这是便携式跨平台与层次结构存储多个可伸缩array-oriented数据集元数据信息。它是适合大规模数据集,特别是数据远远大于可用的随机访问存储器。gdsfmt包提供了高效的业务专门为小于8位整数,从一个二倍体基因型,像单核苷酸多态性(SNP),通常比一个字节占用更少的比特。数据压缩和解压可用较高效的随机访问。它也允许在与GDS文件读取多个R流程支持的并行方案。
作者:Xiuwen郑(aut (cre),斯蒂芬妮Gogarten[所有],生前的盖尔和马克阿德勒(施)(包括zlib来源),Yann夹头(施)(包括LZ4来源),xz贡献者(包括liblzma来源)
维护人员:Xiuwen郑< zhengx u.washington.edu >
从内部引用(R,回车引用(“gdsfmt”)
):
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“gdsfmt”)
HTML | R脚本 | GDS简介格式 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DataImport,基础设施,软件 |
版本 | 1.14.1 |
Bioconductor自 | BioC 3.0 (r - 3.1)(3.5年) |
许可证 | LGPL-3 |
取决于 | R(> = 2.15.0)方法 |
进口 | |
链接 | |
建议 | 平行,消化,蜡笔,RUnit,knitr,BiocGenerics |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://corearray.sourceforge.net/http://github.com/zhengxwen/gdsfmt |
BugReports | http://github.com/zhengxwen/gdsfmt/issues |
取决于我 | bigmelon,SeqArray,SNPRelate |
进口我 | 《创世纪》,GWASTools,SeqSQC,SeqVarTools |
建议我 | AnnotationHub,HIBAG |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | gdsfmt_1.14.1.tar.gz |
Windows二进制 | gdsfmt_1.14.1.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | gdsfmt_1.14.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gdsfmt |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/gdsfmt/ |
包下载报告 | 下载数据 |
老BioC 3.6源码包 | 源存档 |