量规

doi：10.18129/b9.bioc.gage

通常适用于途径分析的基因 - 富集

生物导体版本：版本（3.6）

GAGE是一种已发表的基因集（富集或GSEA）或途径分析的方法。GAGE通常适用于微阵列或RNA-seq数据属性，包括样本量，实验设计，测定平台和其他类型的异质性，并始终如一地实现优于其他常用方法的卓越性能。在GAGE软件包中，我们提供了基本量规分析，结果处理和演示的功能。我们还在批处理，并行分析之间的比较以及对不同来源/研究的异质数据的联合分析中构建了多个量规分析的管道例程。此外，我们还基于KEGG途径和GO术语提供了演示微阵列数据和常用的基因集数据。这些功能和数据也可用于使用其他方法的基因集分析。

作者：Weijun Luo

维护者：weijun luo

安装

要安装此软件包，请启动R并输入：

##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ gage”）

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ gage”）

PDF	R脚本	基因集和数据准备
PDF	R脚本	通常适用的基因组/途径分析
PDF	R脚本	RNA-seq数据途径和基因组分析工作流程
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	差异性，，，，去，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，微阵列，，，，多重组合，，，，Onechannel，，，，途径，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，系统生物学，，，，两通道
版本	2.28.2
在生物导体中	Bioc 2.7（R-2.12）（7。5年）
执照	GPL（> = 2.0）
要看	R（> = 2.10）
进口	图形，，，，keggrest，，，，AnnotationDbi
链接
建议	PathView，，，，Gagedata，，，，go.db，，，，org.hs.eg.db，，，，HGU133A.DB，，，，gseabase，，，，rsamtools，，，，基因组签名，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，deseq，，，，deseq2，，，，EDGER，，，，林玛
系统要求
增强
URL	http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/161
取决于我	Egsea
进口我	阿纳米尔
建议我	fgnet，，，，Gagedata，，，，PathView
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	gage_2.28.2.tar.gz
Windows二进制	gage_2.28.2.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	gage_2.28.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gage
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/gage/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.6的旧源软件包	来源存档