GCMAP
 |
 |
 |
 |
 |
连通性地图分析的工具
生物导体版本：版本（3.6）
GCMAP软件包提供了一个工具包，用于通过基因集富集分析比较差异基因表达谱。从归一化的微阵列或RNA-SEQ基因表达值（存储在expressionset和countdataset对象列表中）开始，使用LIMMA或DESEQ软件包执行差异表达分析。提供一个简单的基因标识符列表，全局差异表达曲线或从完整实验作为输入的数据，用户可以使用统一的几组众所周知的基因集富集分析方法来检索具有基因表达相似变化的实验。为了考虑到基因表达变化的方向性，GCMAPQUERY引入了签名基因组类，直接从GSEABase软件包中扩展了基因组。为了提高大量查询的性能，多个基因集被存储为CMAPCollection ESET中的稀疏入射率矩阵。GCMAP提供了1. Fisher精确测试的实现（Fisher，J r Stat Soc，1922）2。“连接图”方法（Lamb等，Science，2006）3。参数和非参数T统计摘要（Jiang＆Gentleman，生物信息学，2007年）和4. Wilcoxon / Mann-Whitney等级总统计（Wilcoxon，Biometrics Bulletin，1945年）以及5.相机的包装器（Wu＆Smyth，Nucleic Acid，2012）6。Mroast and Romer（Mroast and Romer（Mroast and Romer）（Wu等人，生物信息学，2010年的Limma软件包的功能和7。将MGSA软件包的GSEA方法包裹起来（Bauer等，NAR，NAR，2010年）。所有方法都返回CMAPRESULT对象，这是一个从注释的DataFrame继承的S4类，其中包含富集统计信息以及注释数据并提供简单的高级摘要图。
作者：托马斯·桑德曼（Thomas Sandmann）
维护者：thomas Sandmann
引用（从r内，输入引用（“ GCMAP”））：
安装
要安装此软件包，请启动R并输入：
##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ gcmap”）
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ GCMAP”）
| R脚本 | 创建参考数据集 | |
| R脚本 | GCMAP类和方法 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 注解，，，，微阵列，，，，途径，，，，软件 |
| 版本 | 1.22.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.11（R-2.15）（5。5年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | gseabase，，，，林玛（> = 3.20.0） |
| 进口 | 生物酶， 方法，gsealm，，，，类别，，，，矩阵（> = 1.0.9），并行，注释，，，，GeneFilter，，，，AnnotationDbi，，，，deseq，grdevices，图形，统计，utils，BigMemory，，，，BigMemoryExtras（> = 1.1.2） |
| 链接 | |
| 建议 | 生物基因，，，，kegg.db，，，，Reactome.db，，，，运行，，，，go.db，，，，MGSA |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | gcmapweb |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | gcmap_1.22.1.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | gcmap_1.22.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gcmap |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/gcmap/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
| Bioc 3.6的旧源软件包 | 来源存档 |
