Ensembldb

doi：10.18129/b9.bioc.ensembldb

实用程序创建和使用基于Enembl的注释数据库

生物导体版本：版本（3.6）

该软件包提供了创建和使用以转录本为中心的注释数据库/软件包的功能。数据库的注释使用其PERL API直接从Ensembl获取。该功能和数据类似于基因组Features软件包中的TXDB软件包的功能和数据，但是除了从数据库中检索所有基因/成绩单模型和注释外，ENSEMBLDB软件包还提供了一个过滤器框架，还允许检索类似特定条目的注释。在Lincrna基因的染色体区域或转录本模型上编码的基因。

作者：Johannes Rainer ，来自Tim Triche和Christian Weichenberger的贡献。

维护者：约翰内斯·雷纳（Johannes Rainer）

安装

要安装此软件包，请启动R并输入：

##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ emembldb”）

文档

html	R脚本	生成基于Enembl的注释软件包
html	R脚本	查询蛋白质特征
html	R脚本	使用MySQL Server后端
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	AnnotationData，，，，覆盖范围，，，，遗传学，，，，测序，，，，软件
版本	2.2.2
在生物导体中	Bioc 3.1（R-3.2）（3年）
执照	LGPL
要看	生物基因（> = 0.15.10），基因组机（> = 1.23.21），GenomicFeatures（> = 1.29.10），AnnotationFilter（> = 1.1.9）
进口	方法，rsqlite（> = 1.1），DBI，，，，生物酶，，，，GenomeInfodB，，，，AnnotationDbi（> = 1.31.19），rtracklayer，，，，S4VECTORS，，，，AnnotationHub，，，，rsamtools，，，，iranges（> = 2.11.16），蛋白质，，，，生物弦，，，，卷曲
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，ensdb.hsapiens.v75（> = 0.99.8），闪亮的，，，，测试，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，GGBIO（> = 1.24.0），GVIZ（> = 1.20.0），马格里特
系统要求
增强	rmysql
URL	https://github.com/jotsetung/ensembldb
BugReports	https://github.com/jotsetung/ensembldb/issues
取决于我	Ahensdbs，，，，Chimeraviz，，，，ensdb.hsapiens.v75，，，，Ensdb.hsapiens.v79，，，，ensdb.hsapiens.v86，，，，ensdb.mmusculus.v75，，，，ensdb.mmusculus.v79，，，，ensdb.rnorvegicus.v75，，，，Ensdb.rnorvegicus.v79
进口我	Biovizbase，，，，Chippeakanno，，，，epivizrdata，，，，GGBIO，，，，metagene，，，，途径图，，，，PBase，，，，TVTB
建议我	高山，，，，GenomicFeatures，，，，WigglePlotr
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	emembldb_2.2.2.2.2.tar.gz
Windows二进制	emembldb_2.2.2.2.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	emembldb_2.2.2.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ensembldb
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/ensembldb/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.6的旧源软件包	来源存档