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ensemblVEP
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DOI:10.18129 / B9.bioc.ensemblVEP
集成变异效应预测器的R接口
Bioconductor版本:Release (3.6)
通过perl API查询ensemble Variant Effect Predictor。
作者:Valerie Obenchain和Lori Shepherd
维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>
引文(从R内，输入引用(“ensemblVEP”))：
安装
要安装这个包，启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ensemble blvep”)
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“ensemblVEP”)
| R脚本 | ensemblVEP | |
| R脚本 | PreV90EnsemblVEP | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 自述 | |
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 注释，单核苷酸多态性，软件，VariantAnnotation |
| 版本 | 1.20.1 |
| 在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | 方法,BiocGenerics，GenomicRanges，VariantAnnotation |
| 进口 | S4Vectors(> = 0.9.25),Biostrings，SummarizedExperiment，GenomeInfoDb,统计数据 |
| 链接 | |
| 建议 | RUnit |
| SystemRequirements | 必须安装Ensembl VEP (API版本90)和Perl模块DBI和DBD::mysql。参见README和Ensembl软件包安装说明:http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#installer |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | TVTB |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | ensemblVEP_1.20.1.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | ensemblVEP_1.20.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ensemblVEP |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ensemblVEP/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
| BioC 3.6的旧源包 | 源存档 |
