easyRNASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.easyRNASeq

数为RNA-Seq数据汇总和规范化

Bioconductor版本:版本(3.6)

计算的覆盖率对基因组高通量short-reads参考和总结每特性感兴趣(如外显子、基因、成绩单)。数据规范化的“RPKM”或“DESeq”或“刨边机”包。

作者:尼古拉•Delhomme Ismael Padioleau巴斯蒂安·Schiffthaler Niklas Maehler

维修工:尼古拉斯Delhomme < nicolas.delhomme在umu.se >

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PDF	R脚本	easyRNASeq
HTML	R脚本	geneNetworkR
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细节

biocViews	GeneExpression,遗传学,预处理,RNASeq,软件
版本	2.14.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	Biobase(> = 2.31.3),BiocGenerics(> = 0.17.2),BiocParallel(> = 1.5.1),biomaRt(> = 2.27.2),Biostrings(> = 2.39.3),DESeq(> = 1.23.0),刨边机(> = 3.13.4),GenomeInfoDb(> = 1.7.3),genomeIntervals(> = 1.27.0),GenomicAlignments(> = 1.7.3),GenomicRanges(> = 1.23.16),SummarizedExperiment(> = 1.1.11)、图形IRanges(> = 2.5.27),迷幻药(> = 3.0),locfit、方法、并行Rsamtools(> = 1.23.1),S4Vectors(> = 0.9.38),ShortRead(> = 1.29.1),跑龙套
链接
建议	BiocStyle(> = 1.9.2),BSgenome(> = 1.39.0),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.4.0),旋度,GenomicFeatures(> = 1.23.15),knitr,rmarkdown,RnaSeqTutorial(> = 0.9.0),RUnit(> = 0.4.31)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	RnaSeqTutorial
进口我	msgbsR
建议我	SeqGSEA
构建报告

包档案

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源包	easyRNASeq_2.14.0.tar.gz
Windows二进制	easyRNASeq_2.14.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	easyRNASeq_2.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/easyRNASeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/easyRNASeq/
包下载报告	下载数据