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diffloop
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DOI:10.18129 / B9.bioc.diffloop
从染色质拓扑数据识别差异DNA环
Bioconductor版本:Release (3.6)
一套用于子集、可视化、注释和统计分析一个或多个ChIA-PET实验或其他推断染色质环的分析结果的工具。
作者:Caleb Lareau [aut, cre]， Martin Aryee [aut]
维护者:Caleb Lareau
引文(从R内，输入引用(“diffloop”))：
安装
要安装这个包，启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“diffloop”)
文档
| 超文本标记语言 | R脚本 | diffloop:从染色质拓扑数据中识别差异DNA环。 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DataImport，DataRepresentation，去，预处理，质量控制，软件，可视化 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(2年) |
| 许可证 | MIT +文件许可 |
| 取决于 | |
| 进口 | 方法,GenomicRanges，foreach，plyr，dplyr，reshape2，ggplot2，matrixStats，寿司，刨边机，locfit，statmod，biomaRt，GenomeInfoDb，S4Vectors，IRanges， grDevices，图形，统计，utils，Biobase，readr，data.table，rtracklayer，pbapply，limma |
| 链接 | |
| 建议 | DESeq2，diffloopdata，ggrepel，knitr，rmarkdown，testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/aryeelab/diffloop |
| BugReports | https://github.com/aryeelab/diffloop/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | diffloop_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | diffloop_1.6.0.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | diffloop_1.6.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffloop |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/diffloop/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
