cytofkit

DOI:10.18129 / B9.bioc.cytofkit

Cytofkit:一个集成的流式细胞术数据分析管道

生物导体版本:发布(3.6)

一个集成的海量细胞术数据分析管道，使细胞多样性和进展的同时说明。

作者:陈金苗，陈浩，Matthew Myint

维护人员:Jinmiao Chen ， Hao Chen ， Matthew Myint

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“cytofkit”)

文档

超文本标记语言	R脚本	分析管道
超文本标记语言	R脚本	快速启动
超文本标记语言	R脚本	ShinyAPP教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，CellBiology，聚类，DimensionReduction，FlowCytometry，GUI，软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4.0),ggplot2，plyr
进口	tcltk, grDevices, graphics, utils, stats，Rtsne，e1071，flowCore，gplots，colourpicker，VGAM，reshape2，ggrepel，闪亮的，shinyFiles，素食主义者，Biobase，doParallel平行,pdist、方法、命运，FlowSOM(> = 1.4.0),igraph(> = 1.1.2),RANN(> = 2.5),Rcpp(> = 0.12.0)
链接	Rcpp
建议	knitr，RUnit，testthat，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/JinmiaoChenLab/cytofkit
BugReports	https://github.com/JinmiaoChenLab/cytofkit/issues
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	cytofkit_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	cytofkit_1.10.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	cytofkit_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cytofkit
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cytofkit/
包下载报告	下载数据