crlmm

用于Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina阵列的基因型呼叫(CRLMM)和拷贝数分析工具

Bioconductor版本:Release (3.6)

更快地实现特定于SNP 5.0和6.0阵列的CRLMM，以及特定于5.0、6.0和Illumina平台的拷贝号工具。

作者:Benilton S Carvalho, Robert Scharpf, Matt Ritchie, Ingo Ruczinski, Rafael A Irizarry

维护者:Benilton S Carvalho < unicamp的Benilton。br>， Robert Scharpf ， Matt Ritchie

引文(从R内，输入引用(“crlmm”))：

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“crlmm”)

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“crlmm”)

PDF		拷贝数估计
PDF		小插图-下游分析
PDF	R脚本	crlmm Vignette -基因分型
PDF		拷贝数分析的基础设施
PDF		拷贝数小插图概述
PDF		用于拷贝数分析的Illumina阵列预处理和基因分型
PDF		参考手册
文本		新闻

biocViews	CopyNumberVariation，微阵列，预处理，单核苷酸多态性，软件
版本	1.36.0
在Bioconductor	BioC 2.4 (R-2.9)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.14.0)，oligoClasses(> = 1.21.12),preprocessCore(> = 1.17.7)
进口	方法,Biobase(> = 2.15.4),BiocGenerics，affyio(> = 1.23.2),illuminaio，椭圆，mvtnorm，样条，统计，SNPchip跑龙套,晶格，ff，foreach，RcppEigen(> = 0.3.1.2.1),matrixStats，VGAM，并行，图形，limma，beanplot
链接	preprocessCore(> = 1.17.7)
建议	hapmapsnp6，genomewidesnp6Crlmm(> = 1.0.7),GGdata，snpStats，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	VanillaICE
建议我	ArrayTV，hapmap370k，oligoClasses，SNPchip
构建报告

遵循bob 体育网址在R会话中使用此包的说明。

源包	crlmm_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	crlmm_1.36.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	crlmm_1.36.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crlmm
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/crlmm/
软件包下载报告	下载数据