copynumber

DOI:10.18129 / B9.bioc.copynumber

基于惩罚最小二乘回归的单轨和多轨拷贝数数据分割。

Bioconductor版本:Release (3.6)

利用惩罚最小二乘回归对复制数数据进行分段常数曲线拟合，以定位复制数恒定的基因组区域。每个样本的单独分割、多个样本的联合分割以及snp阵列的两个数据轨迹的联合分割程序都是可用的。几个绘图功能可用于数据和分割结果的可视化。

作者:格罗·尼尔森，克努特·列斯托尔和奥勒·克里斯蒂安·林格尔德。

维护:Gro Nilsen

安装

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PDF	R脚本	copynumber.pdf
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文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，遗传学，单核苷酸多态性，软件，可视化，aCGH
版本	1.18.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.10)，BiocGenerics
进口	S4Vectors，IRanges，GenomicRanges
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包档案

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源包	copynumber_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	copynumber_1.18.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	copynumber_1.18.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/copynumber
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/copynumber/
软件包下载报告	下载数据