彗星

DOI:10.18129 / B9.bioc.coMET

coMET:区域表观基因组全关联扫描(EWAS)结果和DNA共甲基化模式的可视化

Bioconductor版本:Release (3.6)

EWAS的可视化结果在基因组区域。除了表型关联p值，coMET还生成共甲基化模式图，并提供一系列注释轨迹。只要数据可以翻译到基因组水平，它可以用于任何物种的其他组级关联扫描。

作者:Tiphaine C. Martin [aut,cre]， Thomas Hardiman [aut]， Idil Yet [aut]，蔡佩倩[aut]， Jordana T. Bell [aut]

维护者:Tiphaine Martin < Tiphaine。马丁在kcl.ac.uk>上报道

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“彗星”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“彗星”)

PDF	R脚本	coMET用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ChIPSeq，DNAMethylation，DNASeq，DifferentialMethylation，ExomeSeq，FunctionalGenomics，遗传学，GenomeWideAssociation，MethylSeq，MethylationArray，微阵列，RNASeq，RiboSeq，测序，软件，可视化
版本	1.10.2
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(3年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.1.0)， grid, utils，biomaRt，Gviz，心理，ggbio，trackViewer
进口	工具，哈希grDevices,gridExtra，rtracklayer，IRanges，S4Vectors，GenomicRanges，ggplot2统计数据,corrplot
链接
建议	knitr，RUnit，BiocGenerics，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	http://epigen.kcl.ac.uk/comet
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	coMET_1.10.2.tar.gz
Windows二进制	coMET_1.10.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	coMET_1.10.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coMET
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/coMET/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档