chromstaR

DOI:10.18129 / B9.bioc.chromstaR

组合和微分ChIP-Seq染色质状态分析数据

Bioconductor版本:版本(3.6)

这个方案实现了功能组合和ChIP-seq微分分析数据。它包括大学和多元peak-calling,出口到基因组浏览器可视文件,和功能富集分析。

作者:亚伦Taudt,玛丽亚Colome Tatche,马提亚Heinig,明安阮

维护人员:亚伦Taudt <亚伦。在gmail.com taudt >

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PDF	R脚本	chromstaR用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,DifferentialPeakCalling,HiddenMarkovModel,HistoneModification,MultipleComparison,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3),GenomicRanges,ggplot2,chromstaRData
进口	方法、跑龙套grDevices、图形数据,foreach,doParallel,S4Vectors,GenomeInfoDb,IRanges,reshape2,Rsamtools,GenomicAlignments,bamsignals,mvtnorm
链接
建议	knitr,BiocStyle,testthat,biomaRt,ggbio
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	chromstaR_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	chromstaR_1.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	chromstaR_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromstaR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/chromstaR/
包下载报告	下载数据